Badan Kepegawaian Daerah dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Pekalongan Nomor 6 Tahun 2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah, Satuan Polisi Pamong Praja dan Badan Penanggulangan Bencana Daerah Kabupaten Pekalongan melaksanakan penyusunan dan pelaksanaan kebijakan daerah yang bersifat spesifik di bidang Kepegawaian Daerah.

Agar mengoptimalkan peran Badan Kepegawaian Daerah secara efektif dan efisien, maka perlu adanya pengendalian serta tindak lanjut secara terpadu, komprehensif dan berkesinambungan, sehingga akan mampu mendukung kebijakan penyelenggaraan pemerintah daerah. Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten senantiasa berpihak pada:

1. Undang-undang Nomor 8 Tahun 1974 Tentang Pokok-Pokok Kepegawaian sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 43 Tahun 1999 Tentang Perubahan atas Undang-undang Nomor 8 Tahun 1974 Tentang Pokok-Pokok Kepegawaian,
2. Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2014 tentang Aparatur Sipil Negara,
3. Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah, Satuan Polisi Pamong Praja dan Badan Penanggulangan Bencana Daerah,
4. Peraturan Bupati Nomor 47 Tahun 2011 tentang Tugas Pokok dan Fungsi Lembaga Teknis Daerah, Satuan Polisi Pamong Praja dan Badan Penanggulangan Bencana Daerah.

Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten Pekalongan merupakan unsur pendukung tugas Bupati di Bidang kepegawaian daerah dipimpin oleh seorang Kepala Badan yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah.